接續前作“哥吉拉X機械哥吉拉”的故事，一年前與哥吉拉（Godzilla）的決戰，機龍（機械哥吉拉Mechagodzilla）受損程度37%，失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。 　　維修組員中條義人在八王子基地負責修復機龍的工作。某日中條在他叔叔信一的別墅家渡假時，嬰兒島的小美人精靈竟然出現在他們眼前。小美人給他們一個忠告：人類用哥吉拉骸骨製造出機龍是個嚴重的錯誤，如果出動機龍，摩斯拉就會變成人類...

1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成...

1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久...

一个月过去了，濑南伤愈归队，同时传出横须贺与碧订婚的消息，队里洋溢着欢乐的气氛。警铃突然响起，小松救难队出动。横须贺驾驶的飞机在雷达上消失了，UH直升机投入了搜救行动。川岛临危受命代替受伤的机长驾驶飞机。染料即将达到极限，但依然没有发现横须贺的任何踪迹。川岛将做出怎样的抉择？！ ...

　　1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年...

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的场一佐(鹿贺丈史)等30名自卫队员, 因驻屯地事故而时间跳跃至战国时代1549年开始. 的场的原属下 - 鹿岛(江口洋介)与造成事故的神崎(铃木京香)为拯救的场一行, 也来到战国时代, 却发现的场想代替织田信长而改变历史...

　　1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年...

　　哥斯拉破坏日本多年，〈G对策总部〉发明黑洞炮对付。但实验出意外，引来古代巨大昆虫超翔龙重现，并攻击哥斯拉。日本成了哥斯拉、超翔龙及人类三方的战场。...

航空自卫队小松救难队队员川岛遥风（高山侑子饰）正驾驶着直升飞机UH-60J飞行在山岳地带的上空。川岛的母亲曾经被救难队所救，由此她十分向往这个崇高的职业，目前正在接受救难直升机驾驶员的实战训练。幸存者被救上飞机后，川岛急速上升，一不小心操控失误，机体发生了剧烈摇晃。队长菊田（三浦友和饰）怒喝一声，代替她坐上了驾驶位。 　　川岛悄然降落在小松基地，等待着她的是飞行班长鹰栖美那（木村佳乃饰）。救难队...