结城新十郎（胜地凉配音）是一名侦探，在得力助手因果（丰崎爱生配音）的帮助下，破解了一个又一个神秘诡异的案件。从表面上看来，因果是一个俊俏的少年，但他的真身是一个能够吞噬灵魂的神秘女人。而所发生的一连串案件，似乎和因果特殊的能力脱不了干系。新十郎的竞争对手海胜麟六（三木真一郎配音），经常将父亲麟六的情报透露给新十郎的可爱少女梨江（山本希望配音），强势能干的检察官虎山泉（本田贵子配音），警察局课长速水...

　　某天，柯南因感冒在家休息，期间接到了灰原哀的电话。原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态，不过周遭的一切却似乎有所改变：博士院子里的树长高了，出现许多新的建筑物，体育老师变得苍老，班里的同学全是陌生面孔，甚至元太、光彦和步美也都变成高中生的模样。　　他找到同样变成高中生的灰原，得知自...